Протягом двох останніх років фахівцями підприємства розроблена і впроваджена система управління безпекою харчових продуктів відповідно до ISO 22000: 2005 та ДСТУ ISO 22000: 2007.
З 15 червня 2018 року на ДП «Ензим» компанією «Євростандартсертифікація» сертифікована інтегрована система управління (ІСУ) на відповідність вимогам вітчизняних і міжнародних стандартів, таких як: ISO 9001: 2015 і ISO 22000: 2005, а також ДСТУ ISO 9001: 2015 і ДСТУ ISO 22000: 2007.