На ячмені головною проблемою є шкодочинність від збудників різних видів плямистостей. Зараження деякими збудниками плямистостей може призвести до появи «чорного зародка» на насінні. Втрата врожаю від ураження плямистостями досягає 30–50%, а за епіфітотійного розвитку хвороби може досягти 70%.

В Україні ячмінь посідає четверте місце після озимої пшениці, кукурудзи, соняшнику як за площами, так і за виробництвом зерна.

Найбільш шкодочинними і поширеними є: летюча, тверда та чорна сажки, борошниста роса, стеблова або лінійна, жовта та карликова іржі, септоріоз, альтернаріоз, фузаріоз колоса, темно-бура, сітчаста та смугаста плямистості (гельмінтоспоріози), ринхоспоріоз, кореневі гнилі, смугастий, плямистий та базальний бактеріози, вірус жовтої мозаїки, жовта карликовість, штихувата мозаїка тощо.