Проблема полягає в тому, що, попри автоматизованість усіх процесів системи, наразі нею керують конкретні особи. Це, зокрема, пояснює безпідставне відключення багатьох компаній із черги на повернення ПДВ.
А найголовніше - з підприємств усіх галузей вимиваються мільярди гривень обігових коштів, які згодом заморожуються на спеціальних рахунках.
Ці та інші причини, на думку депутата Верховної Ради України Олександра Кірш, найближчим часом можуть спровокувати великі підприємства спробувати піти від сплати ПДВ.
На думку експертів, для розв’язати проблему з системою електронного адміністрування ПДВ можна двома шляхами: в якості компромісу перевести підприємства на касовий метод обслуговування або повністю скасувати депонування коштів на спеціальних рахунках, лишивши системі тільки контрольну функцію.