Через насіння передаються понад 60% видів фітопатогенів. Посів зараженим насінням призводить до передачі хвороб на вегетуючі рослини. Особливо небезпечними є ендогенні хвороби, що в оболонці, під оболонкою насіння та всередині — в зародку (летюча сажка, септоріоз, фузаріози кореневої системи).

Захист пшениці озимої і ярої, ячменю озимого і ярого від плямистостей тощо базується на науковому поєднанні всіх відомих методів захисту рослин (організаційно-господарських, селекційно-насіннєвих, агротехнічних, хімічних, біологічних та інших), які використовуються з урахуванням закономірностей розвитку хвороби і фітосанітарного стану посівів.

В останні роки помітно зросла ураженість посівів пшениці озимої і ярої темно-бурою плямистістю, ячменю озимого і ярого — смугастим і сітчастим гельмінтоспоріозами.

Хвороби пшениці, що викликаються видами іржі, є найпоширенішими і найчастіше зустрічаються. Масовість поширення і швидкість їх наростання призводить в окремі роки до значних втрат урожаю зерна. 

Небезпечні хвороби для озимої пшениці потребують постійного контролю і захисту рослин, особливо навесні після нетипових строкатих осінньо-зимових перепадів температур, чергування дощів зі снігопадами, невеликих морозів із відлигами, нестійкого стану зимового спокою рослин.